Sự cai trị của người Tây Ban Nha còn đi kèm với những biện pháp cưỡng bức và đàn áp dành cho người dân Philippines. Họ thiết lập một hệ thống quản lý chính trị và quân sự để duy trì sự kiểm soát, thường xuyên áp dụng bạo lực để kiểm soát cuộc kháng cự của dân chúng.