Nguồn gốc của GATT như là một thể chế “lấp chỗ trống” đã không làm cho nó thất bại. Tổ chức này đã có công làm giảm các rào cản thương mại quốc gia chưa từng có trước đó trong giai đoạn sau Thế chiến thứ hai. Sức mạnh lớn nhất của định chế này có ở tính linh hoạt của nó, cho phép việc dung hòa các lợi ích trong nước của các nước thành viên với mục đích chung của tự do hóa thương mại.
Vào lúc khởi đầu, GATT là một phương tiện để mặc cả. Các cuộc đàm phán ban đầu về thuế quan năm 1947 do Hoa Kỳ đề xướng và được tiến hành theo phong cách được áp dụng trong các cuộc đàm phán trước đó của Hoa Kỳ. Các nước đàm phán về các mặt hàng hay sản phẩm được chọn và cái lợi thu được do việc cắt giảm thuế quan được đáp lại không phải bằng sản phẩm mà bằng giá trị. Như đã trở thành thông lệ, các cuộc đàm phán Geneva bắt đầu bằng việc các nước gửi các yêu cầu về sản phẩm cho nhau để có được sự ưu đãi thuế quan. Tiếp theo là đưa ra một bản danh sách, đến từng nước, các ưu đãi mà nước kia sẵn sàng dành cho. Các nước sẽ cân bằng giá trị của sự ưu đãi với giá trị tương xứng của việc tiếp cận vào thị trường của nước mình. Phần lớn các trường hợp, các nước đưa ra các yêu cầu về các sản phẩm mà họ là nhà cung cấp chính, mặc dù không phải bất thường khi nhà cung cấp phụ cũng đưa ra sản phẩm vào bản danh sách có “nhu cầu”. Các nước có lợi từ việc hoán đổi song phương giữa hai nước thường đưa ra ưu đãi ngang bằng với cái lợi mà họ thu được. Sau cùng, mọi ưu đãi được liệt kê thành những thay đổi trong biểu thuế quan của nước thành viên tham gia, và tất cả các bên tham gia vào GATT sẽ được tiếp cận thị trường theo mức thuế MFN này.
Điểm nổi bật của các thủ tục này là ba nguyên tắc hay thông lệ được chấp nhận rộng rãi: MFN, có đi có lại, và tự do hóa kinh tế. Hơn cả các quy tắc chính thức, những quy tắc ngầm và công khai về hành vi này đã chi phối chính sách trong suốt 40 năm. Khía cạnh đa phương của định chế đã được tóm gọn trong nguyên tắc về địa vị tối huệ quốc, mở rộng tất cả các thỏa thuận song phương đến các thành viên của tổ chức. Bằng việc chấp nhận nguyên tắc MFN các đối tác thương mại sẽ áp dụng mức thuế quan cho tất cả các nước khác cùng một mức như đã dành cho đối tác được ưu đãi của mình. Thông lệ này là một trong những sự bình đẳng trong đối xử hay ngược lại, là cam kết chống lại sự phân biệt đối xử trong quan hệ thương mại. Quy tắc này đã có nguồn gốc lịch sử lâu đời, ít nhất là từ thế kỷ XVII trong các quan hệ thương mại xuất hiện như một phần thỏa thuận giữa Anh và Tây Ban Nha trong Hiệp định Utrecht. Đã có một điều khoản MFN trong Hiệp ước Cobden- Chevalier giữa Anh và Pháp vào năm 1860, và sau đó hầu hết các thỏa thuận thương mại của châu Âu đều đưa vào sự hứa hẹn này. Hoa Kỳ chấp nhận tiền đề này chậm hơn, vào thế kỷ XIX Hoa Kỳ mới lên tiếng ủng hộ MFN “có điều kiện” dành cho các bên tham gia hiệp định. Vào năm 1923, bằng một thỏa thuận hành pháp, nguyên tắc MFN đã được chấp nhận như một phần của chính sách Hoa Kỳ và được đưa vào tất cả các hiệp định thương mại được ký kết dưới sự bảo trợ của đạo luật 19348 Như đã thấy, Hiến chương Đại Tây dương năm 1941 nói rằng nguyên tắc này là một bộ phận của mọi định chế thương mại thời hậu chiến.
Nguyên tắc MFN của các quan hệ thương mại đa phương và không phân biệt đối xử là một nguyên tắc có những ngoại lệ. Ngay cả trong thỏa thuận ITO đầu tiên, các quy tắc về các thỏa thuận thương mại ưu đãi (PTA) đã cho phép các bên tham gia thỏa thuận phân biệt đối xử bằng cách không mở rộng các ưu đãi như nhau đến tất cả các thành viên. Tương tự như vậy, các nước đang phát triển cũng thường được miễn các nghĩa vụ MFN theo tinh thần hệ thống hai chế độ đối với các nghĩa vụ thương mại. Như vậy các nước đang phát triển được hưởng các lợi ích thương mại bất đối xứng theo Hệ thống Ưu đãi Chung (GSP), và họ được quyền từ bỏ các nghĩa vụ cụ thể mà các thành viên khác phải có nghĩa vụ thực hiện. Một trong những sự xa rời có hệ thống nhất khỏi nguyên tắc MFN trong GATT đã được lập lại trong WTO là các nước thành viên cũ có thể không mở rộng ưu đãi cho một thành viên mới. Điều XXXV của GATT và Điều XIII của WTO quy định rằng các thành viên mới có thể bị loại khỏi đối xử MFN bởi thành viên khác thông qua một quá trình không áp dụng. Điều khoản này bảo đảm rằng các thành viên mới phải đàm phán các điều kiện gia nhập với mọi thành viên mà họ muốn tiếp cận thị trường.
Trong khi đối xử MFN, khía cạnh đa phương của định chế, có nhiều ngoại lệ, các nước phát triển hiếm khi xa rời khỏi quy tắc có đi có lại. Sự có đi có lại, hay ý tưởng cho rằng các chính phủ sẽ dành ưu đãi tương tự cho nhau nhằm “cân bằng” sự trao đổi lợi ích, là nguyên tắc cơ bản, xuất xứ từ Điều 17 của ITO theo đó không nước nào bị buộc phải cho ưu đãi nếu các thành viên khác không đáp lại đầy đủ bằng việc cho lại ưu đãi có giá trị tương đương. Mặc dù khái niệm có đi có lại không được quy định trong GATT, các cuộc thương lượng từ giai đoạn đầu tiên đã được tiến hành trên cơ sở sự hoán đổi các lợi ích. Không chỉ các thỏa thuận thuế quan song phương là dựa vào giá trị của thương mại, mà bất cứ bên cung cấp nào chiếm từ 15% thị trường trở lên thì cũng phải đưa ra ưu đãi bằng giá trị của thỏa thuận thương mại nhận được nhờ MFN. Tinh thần có đi có lại còn được mở rộng cho trường hợp rút lại sự ưu đãi thuế quan nữa. Nếu một nước vi phạm thỏa thuận do sự phản đối trong nước, GATT quy định các biện pháp để nước khác vẫn “nguyên vẹn”. GATT quy định một giai đoạn “mở” khi đó các thành viên có thể đàm phán lại các ưu đãi của mình, chỉ bị ràng buộc bởi quy tắc có đi có lại. Nếu họ muốn chuyển ưu đãi qua lại, tức là họ muốn rút lại một ưu đãi có giá trị nhất định thì họ sẽ bù đắp cho đối tác bằng cách dành cho đối tác sự cắt giảm thuế quan ở một lĩnh vực khác. Nếu không có ưu đãi khác được đưa ra, thì bên kia sẽ nâng mức thuế quan của mình để cân bằng lại mức độ ưu đãi.
Cũng như đối với MFN, ý tưởng có đi có lại bị thách thức bởi sự phát triển kinh tế không đồng đều. Trong điều khoản tạo điều kiện, tức là thỏa thuận về đối xử có phân biệt và ưu tiên nhiều hơn. Sự có đi có lại và sự tham gia đầy đủ hơn của các nước đang phát triển, các thành viên GATT được khuyến khích dành đối xử nhiều ưu tiên hơn cho các nước đang phát triển. Phần IV của GATT đã được thương lượng trong thời gian Vòng đàm phán Kennedy và được quy định rõ ràng rằng các nước phát triển không mong đợi sự có đi có lại về sự cắt giảm thuế quan và về gỡ bỏ rào cản thương mại liên quan đến các nước đang phát triển. Ba điều khoản (Điều khoản XXXVI, XXXVII, và XXVII) không áp đặt nghĩa vụ bắt buộc nào đối với các nước phát triển hơn, mặc dù họ có ngụ ý tạo ra một hệ thống thương mại hai lớp bằng cách làm cho quy tắc có đi có lại có thể áp dụng cho một số chứ không phải cho tất cả các thành viên.
Nguyên lý thứ ba của định chế thương mại, tự do hóa kinh tế, được ngầm chấp nhận bởi các nước thành viên sau khi gia nhập. Mặc dù không ai mong đợi định chế đạt được tự do thương mại giữa các nước tham gia, việc gia nhập định chế là dấu hiệu tán thành với nguyên tắc mở cửa kinh tế hay giá trị của việc khuyến khích sự giao lưu hàng hóa tự do qua các biên giới quốc gia. Lý tưởng mở cửa kinh tế và thực tế tồn tại của luật lệ kinh tế, cả vượt qua biên giới quốc gia lẫn bên trong nước, đã tạo ra sự căng thẳng đối với bản hiến chương đầu tiên của ITO và vẫn là một vấn đề trong chính sách WTO hiện nay. Dù vậy, ngay từ đầu, tổ chức này và các thành viên của nó vẫn chính thức cam kết giải pháp thương mại thế giới và xóa bỏ các chính sách kinh tế biệt lập và dân tộc chủ nghĩa, như các chính sách đặc trưng cho những năm giữa hai cuộc thế chiến. Việc chấp nhận mục tiêu mở cửa có vẻ không khó; nhưng việc thực hiện thỏa thuận mới có nhiều vấn đề hơn. Không phải chỉ có một số hàng hóa nhất định, như các sản phẩm nông nghiệp, không bao giờ nằm trong chương trình nghị sự, mà ngay từ đầu, Hoa Kỳ đã điều chỉnh chính sách đối với tự do hóa, chuyển sang ủng hộ “thương mại tự do và công bằng”. Theo giải thích của Mỹ, chính sách tự do thương mại không được mở rộng đến các nước có phương cách quản lý kinh tế khác biệt. Những nước không cho phép “sân chơi bình đẳng” cho tất cả các nhà sản xuất sẽ không được hưởng những ưu đãi dành cho các nước khác. Hoa Kỳ không phải là nước đơn độc thách thức lại tầm nhìn phổ quát đối với tự do hóa thương mại. Trong Vòng Uruguay, định chế này đã xem xét và áp dụng các chính sách bớt hướng tới việc mở cửa các thị trường mà nặng về vấn đề luật lệ dễ quản lý. Trong khi các thành viên đồng ý rằng tầm nhìn tự do thương mại trùm lên các chính sách có liên quan đến các hàng hóa sau khi đã được đưa ra khỏi biên giới quốc gia của một nước, thì các vấn đề luật lệ về sản xuất, từ bảo vệ sở hữu trí tuệ đến chính sách cạnh tranh, các chính sách đã được ấn định thường không nhất quán với những mục tiêu ban đầu của tổ chức này.