Cơ quan chủ quản là cơ quan thực hiện các nhiệm vụ chủ quản, trực tiếp quản lý. Tính chất chủ quản thể hiện vai trò làm chủ, chỉ đạo cũng như chịu trách nhiệm tổ chức quản lý chung. Các quy định về trách nhiệm, quyền hạn này tùy thuộc vào ngành nghề, lĩnh vực thực hiện công việc chuyên môn.